| 郡 | 神社名 | 御祭神 | 社格 | 備考 |
| 壱岐郡 | 水神社 | 小社 | ||
| 壱岐郡 | 阿多弥神社 | 小社 | ||
| 壱岐郡 | 住吉神社 | 大社 | 名神大社 | |
| 壱岐郡 | 兵主神社 | 大社 | 名神大社 | |
| 壱岐郡 | 月読神社 | 大社 | 名神大社 | |
| 壱岐郡 | 国片主神社 | 小社 | ||
| 壱岐郡 | 高御祖神社 | 小社 | ||
| 壱岐郡 | 手長比売神社 | 小社 | ||
| 壱岐郡 | 佐肆布都神社 | 小社 | 中津神社に合祀 | |
| 壱岐郡 | 佐肆布都神社 | 小社 | ||
| 壱岐郡 | 中津神社 | 大社 | 名神大社 | |
| 壱岐郡 | 角上神社 | 小社 | ||
| 石田郡 | 天手長男神社 | 大社 | 名神大社、一宮 | |
| 石田郡 | 天手長比売神社 | 大社 | 名神大社、天手長男神社に合祀 | |
| 石田郡 | 弥佐支刀神社 | 小社 | ||
| 石田郡 | 国津神社 | 小社 | ||
| 石田郡 | 海神社 | 大社 | ||
| 石田郡 | 津神社 | 小社 | ||
| 石田郡 | 与神社 | 小社 | 一宮 | |
| 石田郡 | 大国玉神社 | 小社 | ||
| 石田郡 | 尓自神社 | 小社 | ||
| 石田郡 | 見上神社 | 小社 | ||
| 石田郡 | 国津意加美神社 | 小社 | ||
| 石田郡 | 物部布都神社 | 小社 | 天手長男神社に合祀 |
