| 群 | 神社名 | 御祭神 | 社格 | 備考 |
| 滋賀郡 | 那波加神社 | 小社 | ||
| 滋賀郡 | 倭神社 | 小社 | ||
| 滋賀郡 | 石坐神社 | 小社 | ||
| 滋賀郡 | 神田神社 | 小社 | ||
| 滋賀郡 | 小野神社（二座） | 大社 | 名神大社 | |
| 滋賀郡 | 日吉神社 | 大社 | 名神大社、二宮 | |
| 滋賀郡 | 小椋神社 | 小社 | ||
| 栗太郡 | 蘆井神社 | 小社 | ||
| 栗太郡 | 意布伎神社 | 小社 | 所在地不明 | |
| 栗太郡 | 小槻大社 | 小社 | ||
| 栗太郡 | 小槻神社 | 小社 | ||
| 栗太郡 | 高野神社 | 小社 | ||
| 栗太郡 | 印岐志呂神社 | 小社 | ||
| 栗太郡 | 佐久奈度神社 | 大社 | 名神大社 | |
| 栗太郡 | 建部神社 | 大社 | 名神大社、一宮 | |
| 甲賀郡 | 矢川神社 | 小社 | ||
| 甲賀郡 | 水口神社 | 小社 | ||
| 甲賀郡 | 石部鹿塩上神社 | 小社 | ||
| 甲賀郡 | 川田神社（二座） | 大社 | 名神大社、月次新嘗 | |
| 甲賀郡 | 飯道神社 | 小社 | ||
| 甲賀郡 | 川枯神社（二座） | 小社 | ||
| 野洲郡 | 御上神社 | 大社 | 名神大社、月次新嘗、三宮 | |
| 野洲郡 | 小津神社 | 小社 | ||
| 野洲郡 | 下新川神社 | 小社 | ||
| 野洲郡 | 兵主神社 | 大社 | 名神大社 | |
| 野洲郡 | 比利多神社 | 小社 | ||
| 野洲郡 | 上新川神社 | 小社 | ||
| 野洲郡 | 馬路石辺神社 | 小社 | ||
| 野洲郡 | 己尓乃神社（二座） | 小社 | ||
| 蒲生郡 | 大嶋神社 | 小社 | ||
| 蒲生郡 | 奥石神社 | 小社 | ||
| 蒲生郡 | 石部神社 | 小社 | ||
| 蒲生郡 | 大屋神社 | 小社 | ||
| 蒲生郡 | 比都佐神社 | 小社 | ||
| 蒲生郡 | 長寸神社 | 小社 | ||
| 蒲生郡 | 沙沙貴神社 | 小社 | ||
| 蒲生郡 | 菅田神社 | 小社 | ||
| 蒲生郡 | 馬見岡神社（二座） | 小社 | ||
| 蒲生郡 | 奥津嶋神社 | 大社 | 名神大社 | |
| 神崎郡 | 乎加神社 | 小社 | ||
| 神崎郡 | 川桁神社 | 小社 | ||
| 愛智郡 | 軽野神社 | 小社 | ||
| 愛智郡 | 石部神社（二座） | 小社 | ||
| 犬上郡 | 阿自岐神社（二座） | 小社 | ||
| 犬上郡 | 多何神社（二座） | 小社 | 三宮 | |
| 犬上郡 | 日向神社 | 小社 | ||
| 犬上郡 | 都恵神社 | 小社 | ||
| 犬上郡 | 山田神社 | 小社 | ||
| 坂田郡 | 山田神社 | 小社 | ||
| 坂田郡 | 日撫神社 | 小社 | ||
| 坂田郡 | 伊夫伎神社 | 小社 | ||
| 坂田郡 | 岡神社 | 小社 | ||
| 坂田郡 | 山津照神社 | 小社 | ||
| 浅井郡 | 塩津神社 | 小社 | ||
| 浅井郡 | 湯次神社 | 小社 | ||
| 浅井郡 | 波久奴神社 | 小社 | ||
| 浅井郡 | 小江神社 | 小社 | ||
| 浅井郡 | 下塩津神社 | 小社 | ||
| 浅井郡 | 矢合神社 | 小社 | ||
| 浅井郡 | 岡本神社 | 小社 | ||
| 浅井郡 | 片山神社（二座） | 小社 | ||
| 浅井郡 | 比伎多理神社 | 小社 | ||
| 浅井郡 | 麻蘇多神社 | 小社 | ||
| 浅井郡 | 上許曽神社 | 小社 | ||
| 浅井郡 | 大羽神社 | 小社 | ||
| 浅井郡 | 都久夫須麻神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 伊香具神社 | 大社 | 名神大社 | |
| 伊香郡 | 乃弥神社 | 小社 | 乎彌神社に合祀 | |
| 伊香郡 | 神前神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 大沢神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 天八百列神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 乎弥神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 走落神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 足前神社 | 小社 | 所在地不明 | |
| 伊香郡 | 久留弥多神社 | 小社 | 売比多神社に合祀 | |
| 伊香郡 | 比売多神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 意波閇神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 阿加穂神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 桜市神社 | 小社 | 所在地不明 | |
| 伊香郡 | 等波神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 横山神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 多太神社 | 小社 | 所在地不明 | |
| 伊香郡 | 兵主神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 赤見神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 波弥神社 | 小社 | 八幡神社に合祀 | |
| 伊香郡 | 桜椅神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 甘櫟前神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 佐味神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 椿神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 佐波加刀神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 伊香具坂神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 与志漏神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 布勢立石神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 乃伎多神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 石作神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 玉作神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 意富布良神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 伊波太岐神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 高野神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 鈆練日古神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 大椋神社 | 小社 | 所在地不明 | |
| 伊香郡 | 黒田神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 丹生神社（二座） | 小社 | ||
| 伊香郡 | 神高槻神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 天岩門別命神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 天比比岐命神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 草岡神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 意太神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 大浴神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 太水別神社 | 小社 | ||
| 伊香郡 | 天川命神社 | 小社 | ||
| 高嶋郡 | 水尾神社（二座） | 大社 | 名神大社、月次新嘗 | |
| 高嶋郡 | 阿志都弥神社 | 小社 | ||
| 高嶋郡 | 与呂伎神社 | 小社 | ||
| 高嶋郡 | 田部神社 | 小社 | ||
| 高嶋郡 | 熊野神社 | 小社 | ||
| 高嶋郡 | 箕嶋神社 | 小社 | ||
| 高嶋郡 | 大川神社 | 小社 | ||
| 高嶋郡 | 小野神社 | 小社 | ||
| 高嶋郡 | 麻知神社 | 小社 | 日枝神社に合祀 | |
| 高嶋郡 | 櫟原神社 | 小社 | ||
| 高嶋郡 | 大田神社 | 小社 | ||
| 高嶋郡 | 鞆結神社 | 小社 | ||
| 高嶋郡 | 日置神社 | 小社 | ||
| 高嶋郡 | 津野神社 | 小社 | ||
| 高嶋郡 | 大荒比古神社（二座） | 小社 | ||
| 高嶋郡 | 大前神社 | 小社 | ||
| 高嶋郡 | 坂本神社 | 小社 | ||
| 高嶋郡 | 大処神社 | 小社 | ||
| 高嶋郡 | 麻希神社 | 小社 | ||
| 高嶋郡 | 弓削神社 | 小社 | ||
| 高嶋郡 | 志呂志神社 | 小社 | ||
| 高嶋郡 | 波尓布神社 | 小社 | ||
| 高嶋郡 | 大水別神社 | 小社 | ||
| 高嶋郡 | 大野神社 | 小社 | ||
| 高嶋郡 | 小海神社 | 小社 | ||
| 高嶋郡 | 大寸神社 | 小社 | ||
| 高嶋郡 | 荒椋神社 | 小社 | 所在地不明 | |
| 高嶋郡 | 三重生神社（二座） | 小社 | ||
| 高嶋郡 | 槻神社 | 小社 | 所在地不明 | |
| 高嶋郡 | 長田神社 | 小社 | ||
| 高嶋郡 | 宇伎多神社 | 小社 |
